La invasión inició la madrugada del 20 de diciembre de 1989 con el bombardeo de múltiples instalaciones políticas y militares. El objetivo del ataque era anular cualquier respuesta del ejército panameño. El bombardeo destruiría aeropuertos y bases militares como el Aeropuerto Marcos A. Gelabert en Punta Paitilla, el Cuartel Central en el barrio de El Chorrillo, el Cuartel de Tinajitas, el Cuartel de Panamá Viejo, el Cuartel de Los Pumas, la base militar de Río Hato (donde funcionaba el instituto militar Tomás Herrera, que no era en realidad una escuela de formación castrense) y la Base Naval de Coco Solo.
La Fuerza Aérea de los Estados Unidos utilizó armamento de última generación, como los bombarderos furtivos F-117 Nighthawk y los helicópteros de combate AH-64 Apache contra un ejército poco equipado. A pesar de la alta tecnología del armamento estadounidense, se produjeron numerosas muertes civiles al ser alcanzados muchos edificios no militares.
El ingreso de los soldados estadounidenses al barrio El Chorrillo terminó con este, siendo particularmente incendiado y masacrado debido a su cercanía con la Comandancia, causando el desplazamiento de alrededor de 2200 familias.
A pesar de las declaraciones hechas por Noriega ante la Asamblea Legislativa días antes de la operación militar, no hubo ninguna declaración de guerra formal y la acción fue condenada por la Asamblea General de la ONU y por la Organización de los Estados Americanos. La operación duró pocos días ante la superioridad del ejército ocupante y la poca resistencia encontrada.
Noriega logró escapar y buscó asilo en la Nunciatura Apostólica. El 31 de enero de 1990 se entregaría a las fuerzas de ocupación y sería puesto bajo arresto después de la operación Nifty Package.
Guillermo Endara fue nombrado presidente del país en una base militar de EE.UU. durante la operación. En los días siguientes a la intervención, debido a la ausencia de policía y ante la pasividad de las tropas estadounidenses, se produjeron en varias ciudades saqueos y actos de vandalismo que aumentaron las pérdidas materiales.
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